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Oggetto:
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Analisi genomica applicata

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Anno accademico 2006/2007

Codice dell'attività didattica
S1077
Docente
Ezio PORTIS (Affidamento)
Corso di studi
[f001-c207] laurea spec. in biotecnologie agrarie vegetali
Anno
1° anno
Tipologia
B - Caratterizzante
Crediti/Valenza
4
SSD dell'attività didattica
AGR/07 - genetica agraria
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Sommario del corso

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Obiettivi formativi

Conoscenza della genetica vegetale, dei principi di miglioramento genetico vegetale e della biologia molecolare di base
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Programma

Lezioni teoriche:
Tecnica AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism): principi del metodo e tecniche per l’analisi degli amplificati.
Tecniche AFLP derivate:
- SAMPL (Selective Amplification of Polymorphic Loci): principi del metodo, utilizzo di primer dotati di sequenze ripetute per l’isolamento di sequenze microsatellite, principali applicazioni in campo vegetale;
- S-SAP (Sequence-Specific Amplification Polymorphisms): principi del metodo, tecniche di isolamento di sequenze LTR (Long Terminal Repeats), applicazioni in campo vegetale;
- MSAP (Methylation Sensitive Amplified Polymorphism): principi del metodo; utilizzo di enzimi sensibili a diversi livelli di metilazione; applicazioni in campo vegetale.
Utilizzo dei marcatori molecolari nella caratterizzazione della variabilità genetica:
- Coefficienti di similarità: utilizzo dei coefficienti più comuni (Jaccard, Nei e Li, Dice, Simple Matching) nelle analisi filogenetiche, nella caratterizzazione del germoplasma e nel fingerprinting varietale.
- Statistiche di diversità genetica: studio della struttura genetica delle popolazioni mediante l’applicazione delle statistiche di Wright per marcatori co-dominati e della statistiche di Nei per marcatori dominati
Esercitazioni pratiche:
- Applicazione della tecnica AFLP in specie ortive: restrizione e ligazione, amplificazione mediante l’utilizzo di primer caratterizzati da un diverso numero di nucleotidi selettivi, analisi degli amplificati su gel di poliacrilammide, colorazione del gel mediante silver staining;
- Applicazione della tecnica Microsatellite-AFLP per l’isolamento di frammenti contenenti sequenze microsatellite: amplificazione mediante l’utilizzo di primer AFLP in combinazione con primer ISSR, isolamento delle bande da gel di poliacrilammide e riamplificazione.
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Testi consigliati e bibliografia

Non esiste un testo unico in cui siano riportati in maniera adeguata tutti gli argomenti trattati nel modulo. Alcune parti del programma possono essere ricavate dal volume e dalle pubblicazioni di seguito riportate:
- A. Karp, P.G. Isaac (coordinatori). Molecular tools for screening biodiversity. Chapman & Hall 1999
- D. De Vienne, Les marqueurs moleculaires en genetique et biotechnologies vegetales, INRA editions 1998
- Vos P, Hogers R, Bleeker M, Reijans M, Van Der Lee T, Hornes M, Frijters A, Pot J, Peleman J, AFLP: a new technique for DNA fingerprinting, Nucleic Acids Resources 23 (21), 4407-4414.
- Waugh R, McLean K, Flavell A.J, Pearce S.R, Kumar A, Thomas B.B, Powell W. (1997), Genetic distribution of Bare-1-like retrotransposable elements in the barley genome revealed by sequence-specific amplification polymorphism (S-SAP), Molecular and Gen. Genetics, 253:687-694.
- Paglia G, Morgante M (1998), PCR-based multiplex DNA fingerprinting techniques for the analysis of conifer genomes, Mol Breed 4: 173-177
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Note

Modalità d’esame:
Orale
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Ultimo aggiornamento: 08/10/2007 13:38
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