Analisi genomica applicata

Oggetto:

Analisi genomica applicata

Oggetto:

Anno accademico 2008/2009

Codice dell'attività didattica

S1077

Docente

Dott. Cinzia COMINO (Affidamento)

Corso di studi

[f001-c207] laurea spec. in biotecnologie agrarie vegetali

Anno

1° anno

Tipologia

B - Caratterizzante

Crediti/Valenza

SSD dell'attività didattica

AGR/07 - genetica agraria

Oggetto:

Obiettivi formativi

Offrire agli studenti le conoscenze del sequenziamento del genoma nelle specie vegetali

Oggetto:

Risultati dell'apprendimento attesi

Al termine del corso lo studente sarà in grado di conoscere le diverse tecniche per il sequenziamento dei genomi vegetali e di applicare le tecniche svolte nel corso delle esercitazioni

Oggetto:

Programma

Lezioni teoriche

- Progetti genoma e obiettivi comuni ai progetti

- Mappe genetiche, mappe fisiche e citologiche. Tecnica FISH

- Sequenziamento DNA: metodo Sanger

- Altre tecniche di sequenziamento (anche definiti ULCS: Ultra-low-cost-sequencing): 1. metodi microelettroforetici; 2. sequenziamento tramite ibridazione; 3. osservazioni real-time di singole molecole; 4. sequenziamento cyclic-arrayLibrerie genomiche e librerie a cDNA

- Vettori di clonaggio: plasmidi, batteriofagi, cosmidi, PAC, BAC, YAC

- Sequenziamento del genoma: metodo gerarchico, metodo shotgun

- Progetti genoma nelle piante

Richiami sulla tecnica AFLP (amplified fragment length polymorphism):

- Protocollo AFLP: preparazione del DNA stampo, amplificazione e analisi degli amplificati;

- principi del metodo, qualità del DNA, dimensione dei genomi analizzabili, restrizione e ligazione contemporanea, ottimizzazione delle condizioni di amplificazione, utilità dell’utilizzo contemporaneo di due enzimi di restrizione;

- applicazione della tecnica per il fingerprinting di genomi semplici, valutazione del numero di frammenti attesi;

- applicazione della tecnica per il fingerprinting di genomi complessi, utilità dell’introduzione della fase di pre.amplificazione

- polimorfismi rilevabili

- sistemi di analisi degli amplificati, utilizzo di marcatura radioattiva, marcatura fluorescente o mediante digossigenina, utilizzo di primer non marcati e colorazione mediante tecnica silver staining

Tecniche AFLP derivate:

- SAMPL (selective amplification of polymorphic loci) ed M-AFLP (microsatellite-AFLP): principi dei metodi, utilizzo di primer dotati di sequenze ripetute per l’isolamento di sequenze microsatellite, principali applicazioni in campo vegetale;

Esercitazioni pratiche

1) Applicazione della tecnica AFLP in specie ortive:

- definizione del protocollo

- restrizione e ligazione del DNA genomico

- preamplificazione e controllo degli amplificati su gel di agarosio

- amplificazione mediante l’utilizzo di primer caratterizzati da un diverso numero di nucleotidi selettivi e controllo degli amplificati su agarosio

- analisi degli amplificati su gel di poliacrilammide (gel casting e corsa elettroforetica)

- colorazione del gel mediante silver staining;

- analisi dei profili elettroforetici ottenuti

2) Amplificazione SNPs con tecnica Tetra primers ARMS-PCR

3) Isolamento di promotori da librerie genomiche

Descrizione

Testi consigliati e bibliografia

Oggetto:

Non esiste un testo unico in cui siano riportati in maniera adeguata tutti gli argomenti trattati nel modulo. Alcune parti del programma possono essere ricavate dal volume e dalle pubblicazioni di seguito riportate:
- Vos P, Hogers R, Bleeker M, Reijans M, Van Der Lee T, Hornes M, Frijters A, Pot J, Peleman J, AFLP: a new technique for DNA fingerprinting, Nucleic Acids Resources 23 (21), 4407-4414.
-Introduzione alla genomica G. Gibson, S.V. Muse. Ed. Zanichelli
-Genetica e genomica G. Barcaccia, M. Falcinelli vol.3. Ed. Liguori

Oggetto: