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Oggetto:
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Tecniche di diagnosi e analisi molecolari 2

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DIAGNOSTICS AND MOLECULAR ANALYSIS TECHNIQUES 2

Oggetto:

Anno accademico 2018/2019

Codice dell'attività didattica
AGR0134
Docente
Prof. Monica MEZZALAMA
Corso integrato
Corso di studi
[001717-101] SCIENZE E TECNOLOGIE AGRARIE - curr. Agrobiotecnologie
Anno
3° anno
Tipologia
B - Caratterizzante
Crediti/Valenza
5
SSD dell'attività didattica
AGR/12 - patologia vegetale
Modalità di erogazione
Convenzionale
Lingua di insegnamento
Italiano
Modalità di frequenza
Facoltativa
Tipologia d'esame
Orale
Prerequisiti
Nessuno / None
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Sommario del corso

Oggetto:

Obiettivi formativi

 

Area di apprendimento: Area della difesa.

L’insegnamento ha come obiettivo principale quello di fornire allo studente le basi teoriche e pratiche di alcune tra le principali tecniche molecolari per la diagnosi in campo agrario e di fornire una solida preparazione di base indispensabile per proseguire gli studi universitari.

Learning area: Plant protection.

The course supplies theoretical and practical basis of some of the most used molecular techniques for the diagnosis in agriculture and it supplies a solid background necessary to continue the University studies.

Oggetto:

Risultati dell'apprendimento attesi

Conoscenza e capacità di comprensione

Alla fine dell’insegnamento lo studente avrà acquisito conoscenze teoriche e pratiche sulle principali tecniche di biologia molecolare applicate al campo agrario, e in particolare alla diagnostica fitopatologica per le malattie di origine fungina, batterica, fitoplasmatica e virale.

 

Capacità di applicare conoscenza e comprensione

Alla fine dell’insegnamento lo studente sarà in grado di:

-        osservare i sintomi e i segni per l’identificazione macroscopica degli agenti fitopatogeni;

-        isolare funghi e batteri fitopatogeni da campioni vegetali;

-        estrarre DNA o RNA da funghi;

-        allestire un’elettroforesi ed una PCR classica o real time;

-        identificare i principali patogeni vegetali mediante microscopia, tecniche immunologiche, proteiche e molecolari.

 

Autonomia di giudizio

Alla fine dell’insegnamento lo studente sarà in grado di scegliere gli strumenti diagnostici per una corretta identificazione dei patogeni vegetali.

 

Abilità comunicative

Alla fine dell’insegnamento lo studente sarà in grado di utilizzare un appropriato ed aggiornato vocabolario tecnico relativo a diagnosi fitopatologiche ed analisi molecolari.

 

Knowledge and understanding

At the end of the course, students will have acquired theoretical and practical knowledge on the main techniques of molecular biology applied to agriculture, and in particular to plant pathogen diagnostics for fungal, bacterial phytoplasma and viral diseases.

 

Applying knowledge and understanding

At the end of the course, students will be able:

-        to observe symptoms and signs for the macroscopic identification of plant pathogens;

-        to isolate fungal and bacterial pathogens from plant samples;

-        to extract DNA or RNA from fungi;

-        to perform an electrophoresis and a classical or real time PCR;

-        to identify the main plant pathogens through microscpy, immunological, proteic and molecular techniques.

 

Making judgements

At the end of the course, students will be able to choose the most appropriate diagnostic tools for a correct identification of plant pathogens.

 

Communication skills

At the end of the course, students will acquire specific and updated technical vocabulary related to plant pathogen diagnostics, applied to fungi, bacteria, phytoplasmas and viruses.

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Modalità di insegnamento

Lezioni frontali ed esercitazioni pratiche in laboratorio

Theorical lessons and practical activities in laboratory

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Modalità di verifica dell'apprendimento

Durante l'insegnamento, al termine della trattazione di ogni argomento sarà organizzata una discussione comune sul tema. Le esercitazioni pratiche rappresenteranno un'ulteriore occasione di verifica dell'apprendimento. 

L’esame di ‘Tecniche di diagnosi e analisi molecolari 2’ è orale ed integrato con il modulo di ‘Tecniche di diagnosi e analisi molecolari 1’. Gli argomenti oggetto di verifica sono quelli trattati durante le lezioni e le esercitazioni in laboratorio.

During classes, at the end of the presentation of each topic, a discussion section will be organized. Practicals will be a further occasion to evaluate the level of learning.

The exam of ‘Techniques of molecular diagnosis and analysis 2’ is oral and integrated with the module of ‘Techniques of molecular diagnosis and analysis 1’. The topics of the exam are developed during the lectures and the laboratory activities.

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Programma

Caratteristiche principali di funghi, batteri e virus fitopatogeni

Diagnostica fitopatologica

Osservazione dei sintomi

Isolamento di funghi

Identificazione al microscopio di funghi fitopatogeni

Tecniche immunologiche (ELISA, lateral flow)

Tecniche basate su proteine (isoenzimi, SDS-PAGE, PAGE nativa, Western blot, 2-D elettroforesi)

Tecniche basate sul DNA (cariotipo elettroforetico, RFLP, ibridazione di sonde, microarray, PCR, sequenziamento)

PCR su geni ribosomali, su regioni ITS e IGS, RAPD, AFLP e ISSR

Estrazione di DNA da funghi

PCR classica

Elettroforesi su gel di agarosio

Estrazione di RNA

Retrotrascrizione di RNA a cDNA

Real time PCR

LAMP PCR

Applicazioni nanotecnologiche: nanosensori e lab on a chip

Diagnostica molecolare applicata a funghi, batteri e virus

Cenni di bioinformatica (blast, allineamento di sequenze, costruzione di alberi filogenetici, metodi di annotazione, analisi di proteine)

Sequenziamento di genomi

Main features of phytopathogenic fungi, bacteria and viruses

Phytopathological diagnostics

Symptom observation

Fungal isolation

Microscope identification of phytopathogenic fungi

Immunological techniques (ELISA, lateral flow)

Protein techniques (isoenzymes, SDS-PAGE, native PAGE, Western blot, 2-D electrophoresis)

DNA techniques (caryotyping, RFLP, probe hybridization, microarray, PCR, sequencing)

PCR on ribosomal genes, on ITS and IGS regions, RAPD, AFLP and ISSR

DNA extraction from fungi

PCR and electrophoresis on agarose gel

RNA extraction, retrotranscription

Real time PCR

LAMP PCR

Nanotechnological applications: nanosensors and lab on a chip

Molecular diagnostics applied to fungi, bacteria and viruses

Bioinformatics (blast, sequence alignment, dendrograms, gene annotation, protein analysis)

Genome sequencing, transcriptomics (RNA seq)

 

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Testi consigliati e bibliografia

Il docente fornirà materiale didattico inerente gli argomenti trattati a lezione e durante le esercitazioni pratiche.

M.R. Green, J. Sambrook (2012) Molecular Cloning - A laboratory Manual. Cold Spring Harbor University Pres, 2028 pp.

The teacher will provide educational material concerning the topics of the lessons and the practical activities.

M.R. Green, J. Sambrook (2012) Molecular Cloning - A laboratory Manual. Cold Spring Harbor University Pres, 2028 pp.

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Ultimo aggiornamento: 28/02/2019 15:02
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