- Oggetto:
- Oggetto:
Tecniche di diagnosi e analisi molecolari 2
- Oggetto:
DIAGNOSTICS AND MOLECULAR ANALYSIS TECHNIQUES 2
- Oggetto:
Anno accademico 2018/2019
- Codice dell'attività didattica
- AGR0134
- Docente
- Prof. Monica MEZZALAMA
- Insegnamento integrato
- Tecniche di laboratorio integrate - C.I. (AGR0134)
- Corso di studi
- [001717-101] SCIENZE E TECNOLOGIE AGRARIE - curr. Agrobiotecnologie
- Anno
- 3° anno
- Tipologia
- B - Caratterizzante
- Crediti/Valenza
- 5
- SSD dell'attività didattica
- AGR/12 - patologia vegetale
- Modalità di erogazione
- Convenzionale
- Lingua di insegnamento
- Italiano
- Modalità di frequenza
- Facoltativa
- Tipologia d'esame
- Orale
- Prerequisiti
- Nessuno / None
- Oggetto:
Sommario insegnamento
- Oggetto:
Obiettivi formativi
Area di apprendimento: Area della difesa.
L’insegnamento ha come obiettivo principale quello di fornire allo studente le basi teoriche e pratiche di alcune tra le principali tecniche molecolari per la diagnosi in campo agrario e di fornire una solida preparazione di base indispensabile per proseguire gli studi universitari.
Learning area: Plant protection.
The course supplies theoretical and practical basis of some of the most used molecular techniques for the diagnosis in agriculture and it supplies a solid background necessary to continue the University studies.
- Oggetto:
Risultati dell'apprendimento attesi
Conoscenza e capacità di comprensione
Alla fine dell’insegnamento lo studente avrà acquisito conoscenze teoriche e pratiche sulle principali tecniche di biologia molecolare applicate al campo agrario, e in particolare alla diagnostica fitopatologica per le malattie di origine fungina, batterica, fitoplasmatica e virale.
Capacità di applicare conoscenza e comprensione
Alla fine dell’insegnamento lo studente sarà in grado di:
- osservare i sintomi e i segni per l’identificazione macroscopica degli agenti fitopatogeni;
- isolare funghi e batteri fitopatogeni da campioni vegetali;
- estrarre DNA o RNA da funghi;
- allestire un’elettroforesi ed una PCR classica o real time;
- identificare i principali patogeni vegetali mediante microscopia, tecniche immunologiche, proteiche e molecolari.
Autonomia di giudizio
Alla fine dell’insegnamento lo studente sarà in grado di scegliere gli strumenti diagnostici per una corretta identificazione dei patogeni vegetali.
Abilità comunicative
Alla fine dell’insegnamento lo studente sarà in grado di utilizzare un appropriato ed aggiornato vocabolario tecnico relativo a diagnosi fitopatologiche ed analisi molecolari.
Knowledge and understanding
At the end of the course, students will have acquired theoretical and practical knowledge on the main techniques of molecular biology applied to agriculture, and in particular to plant pathogen diagnostics for fungal, bacterial phytoplasma and viral diseases.
Applying knowledge and understanding
At the end of the course, students will be able:
- to observe symptoms and signs for the macroscopic identification of plant pathogens;
- to isolate fungal and bacterial pathogens from plant samples;
- to extract DNA or RNA from fungi;
- to perform an electrophoresis and a classical or real time PCR;
- to identify the main plant pathogens through microscpy, immunological, proteic and molecular techniques.
Making judgements
At the end of the course, students will be able to choose the most appropriate diagnostic tools for a correct identification of plant pathogens.
Communication skills
At the end of the course, students will acquire specific and updated technical vocabulary related to plant pathogen diagnostics, applied to fungi, bacteria, phytoplasmas and viruses.
- Oggetto:
Modalità di insegnamento
Lezioni frontali ed esercitazioni pratiche in laboratorio
Theorical lessons and practical activities in laboratory
- Oggetto:
Modalità di verifica dell'apprendimento
Durante l'insegnamento, al termine della trattazione di ogni argomento sarà organizzata una discussione comune sul tema. Le esercitazioni pratiche rappresenteranno un'ulteriore occasione di verifica dell'apprendimento.
L’esame di ‘Tecniche di diagnosi e analisi molecolari 2’ è orale ed integrato con il modulo di ‘Tecniche di diagnosi e analisi molecolari 1’. Gli argomenti oggetto di verifica sono quelli trattati durante le lezioni e le esercitazioni in laboratorio.
During classes, at the end of the presentation of each topic, a discussion section will be organized. Practicals will be a further occasion to evaluate the level of learning.
The exam of ‘Techniques of molecular diagnosis and analysis 2’ is oral and integrated with the module of ‘Techniques of molecular diagnosis and analysis 1’. The topics of the exam are developed during the lectures and the laboratory activities.
- Oggetto:
Programma
Caratteristiche principali di funghi, batteri e virus fitopatogeni
Diagnostica fitopatologica
Osservazione dei sintomi
Isolamento di funghi
Identificazione al microscopio di funghi fitopatogeni
Tecniche immunologiche (ELISA, lateral flow)
Tecniche basate su proteine (isoenzimi, SDS-PAGE, PAGE nativa, Western blot, 2-D elettroforesi)
Tecniche basate sul DNA (cariotipo elettroforetico, RFLP, ibridazione di sonde, microarray, PCR, sequenziamento)
PCR su geni ribosomali, su regioni ITS e IGS, RAPD, AFLP e ISSR
Estrazione di DNA da funghi
PCR classica
Elettroforesi su gel di agarosio
Estrazione di RNA
Retrotrascrizione di RNA a cDNA
Real time PCR
LAMP PCR
Applicazioni nanotecnologiche: nanosensori e lab on a chip
Diagnostica molecolare applicata a funghi, batteri e virus
Cenni di bioinformatica (blast, allineamento di sequenze, costruzione di alberi filogenetici, metodi di annotazione, analisi di proteine)
Sequenziamento di genomi
Main features of phytopathogenic fungi, bacteria and viruses
Phytopathological diagnostics
Symptom observation
Fungal isolation
Microscope identification of phytopathogenic fungi
Immunological techniques (ELISA, lateral flow)
Protein techniques (isoenzymes, SDS-PAGE, native PAGE, Western blot, 2-D electrophoresis)
DNA techniques (caryotyping, RFLP, probe hybridization, microarray, PCR, sequencing)
PCR on ribosomal genes, on ITS and IGS regions, RAPD, AFLP and ISSR
DNA extraction from fungi
PCR and electrophoresis on agarose gel
RNA extraction, retrotranscription
Real time PCR
LAMP PCR
Nanotechnological applications: nanosensors and lab on a chip
Molecular diagnostics applied to fungi, bacteria and viruses
Bioinformatics (blast, sequence alignment, dendrograms, gene annotation, protein analysis)
Genome sequencing, transcriptomics (RNA seq)
Testi consigliati e bibliografia
- Oggetto:
Il docente fornirà materiale didattico inerente gli argomenti trattati a lezione e durante le esercitazioni pratiche.
M.R. Green, J. Sambrook (2012) Molecular Cloning - A laboratory Manual. Cold Spring Harbor University Pres, 2028 pp.
The teacher will provide educational material concerning the topics of the lessons and the practical activities.
M.R. Green, J. Sambrook (2012) Molecular Cloning - A laboratory Manual. Cold Spring Harbor University Pres, 2028 pp.
- Oggetto:
