Vai al contenuto principale
Oggetto:
Oggetto:

Bioinformatica

Oggetto:

Anno accademico 2006/2007

Codice dell'attività didattica
S1075
Docente
Ezio PORTIS (Affidamento)
Corso di studi
[f001-c207] laurea spec. in biotecnologie agrarie vegetali
Anno
1° anno
Tipologia
A - Di base
Crediti/Valenza
3
SSD dell'attività didattica
INF/01 - informatica
Oggetto:

Sommario del corso

Oggetto:

Obiettivi formativi

Conoscenze relative alle attività principali del sistema operativo Windows, all’utilizzo di Internet e del foglio elettronico Excell.
Oggetto:

Programma

sequenze di DNA; Introduzione; Traduzione concettuale e caratterizzazione degli elementi di una sequenza di DNA genomico e di cDNA; Banche dati di sequenze di DNA: Il progetto genoma umano;
Problemi pratici ed esercitazioni
- Uso del database REBASE: generazione di mappe di restrizione;
Problemi pratici ed esercitazioni
- Ricerche di omologia: il programma BLAST e le sue varianti;
Problemi pratici ed esercitazioni
- Analisi di cromatogrammi, allineamento e SNP mining; “In silico” SNP;
Problemi pratici ed esercitazioni
- PCR e disegno di PRIMERS; Disegno di oligo per mezzo del software Primer3; Disegno di primer per ARMS PCR; Disegno di primer per Tetra primer ARMS PCR; Uso di CODEHope per primer degenerati (e software collegati)
Problemi pratici ed esercitazioni
- Analisi delle sequenze proteiche; Identificazione di una proteina da elementi di sequenza; Analisi della sequenza; Modificazioni post-traduzionali; Predizione della struttura secondaria;
Problemi pratici ed esercitazioni
Database e mutanti (Genomic Approach); Individuazione di mutanti di inserzione in Arabidopsis (Salk Institute).
Problemi pratici ed esercitazioni
- LINUX e l’”open source”: introduzione e cenni.
-Utilizzo dei principali software per l’analisi dei risultati ottenuti mediante l’impiego dei marcatori molecolari nella caratterizzazione della variabilità genetica e per lo studio della struttura genetica delle popolazioni:
- NTSYS-pc: applicazione dei coefficienti più comuni di similarità genetica (Jaccard, Nei e Li, Dice, Simple Matching), costruzione di dendrogrammi mediante metodo UPGMA, calcolo delle matrici co-fenetiche ed Analisi per Coordinate Principali;
- Popgene e Genepop: applicazione delle statistiche di Wright per marcatori co-dominati e delle statistiche di Nei per marcatori dominati nelle studio di popolazioni; valutazione della significatività degli scostamenti dall’equilibrio Hardy-Weinberg e del Linkage disequlibrium
- Arlequin: analisi della varianza molecolare (AMOVA); 
- Phylip : analisi filogenetiche;
- AFLPsurv: gestione dei dati ottenuti mediante marcatori dominanti;
- Microsat e Identity: analisi di dati ottenuti mediante marcatori co-dominanti.
Problemi pratici ed esercitazioni
Oggetto:

Testi consigliati e bibliografia

Non esiste un testo unico in cui siano riportati in maniera adeguata tutti gli argomenti trattati nel corso. Alcune parti del programma possono essere ricavate dal volume BIOINFORMATICA di A. TRAMONTANO (Zanichelli), le restanti parti verranno descritte in apposite dispense
Oggetto:

Note

Modalità d’esame:
Prova pratica
Oggetto:
Ultimo aggiornamento: 08/10/2007 13:38
Location: https://www.sta.unito.it/robots.html
Non cliccare qui!