- Oggetto:
- Oggetto:
Statistica e bioinformatica (INSEGNAMENTO N.O. D.M. 270/04)
- Oggetto:
Anno accademico 2009/2010
- Codice dell'attività didattica
- AGR0180
- Docente
- Dott. Alberto ACQUADRO (Affidamento)
- Corso di studi
- Ordinamento D.M. 270/04
[f056-c502] laurea spec. in biotecnologie vegetali - Anno
- 1° anno
- Tipologia
- B - Caratterizzante
- Crediti/Valenza
- 4
- SSD dell'attività didattica
- SECS-S/02 - statistica per la ricerca sperimentale e tecnologica
- Mutuato da
- http://www.personalweb.unito.it/alberto.acquadro/bioinformatica/index.htm
- Oggetto:
Sommario insegnamento
- Oggetto:
Obiettivi formativi
FINALITA'
Fornire strumenti conoscitivi ed informatici necessari per lelaborazione di dati fenotipici, genomici, trascrittomici, proteomici e metabolomici finalizzati allinterpretazione di fenomeni biologici e alla progettazione di esperimenti di genomica funzionale. Il corso si propone di mettere lo studente immediatamente in contatto con problemi scientifici estrapolati dalla bibliografia scientifica internazionale.OBIETTIVI FORMATIVI
-conoscere i principali database bioinformatici sede di informazione biologica
-padroneggiare gli strumenti di "Sequence Retrieval" e gli strumenti di base per ricercare informazioni biologiche nei principali database.
-acquisire autonomia nell'utilizzo di algoritmi di ricerca e analisi (genomica, trascrittomica e proteomica) dell'informazione biologica sia utilizzando strumenti on-line che programmi in locale.- Oggetto:
Risultati dell'apprendimento attesi
Al termine del corso lo studente sarà in grado di:
-Analizzare database primari e secondarie (archival, curated)
-Utilizzare gli operatori Booleiani (AND, OR, NOT) per il sistema genBank
-effettuare una ricerca bibliografica utilizzando le piattaforme: "Web of Science" (WoS), e NCBI
-Analizzare sequenze di DNA e proteiche dal punto di vista strutturale (primario e secondario);
-analizzare/predirele modificazioni post-traduzionali presenti in una proteina
-utilizzare algoritmi di pattern recognition per il riconoscimento di introni, esoni, di promotori e terminatori e siti di poliadenilazione.
-Analizzare cromatogrammi per isolare SNP.
-Riconoscere e mascherare elementi ripetuti (CENSOR)
-isolare "in silico" sequenze ripetute (SSR)
-allineare (con algoritmi di tipo LOCALE E GLOBALE) sequenze proteiche e nucleotidiche
-Disegnare primer per analisi PCR (specifici e degenerati)
-Eseguire una analisi semplificata di dati microarray
-Eseguire una analisi dei dati di spettrometria di massa derivati da un analisi proteomica 2-DE
-analizzare e ricercare il database (KEGG) inerente i metaboliti delle piante
-analizzare il database SIGNAl e recuperare informazioni su mutanti da inserzione di T-DNA di arabidopsis
-costruire molecole di shRNA per RNAi- Oggetto:
Programma
Argomento
Ore
Lez.
Ore
Esercit.
Introduzione alla bioinformatica.
Database primari, secondarie, archival, curated.
Confrontro tra Refseq e Genbank, database proteici.
Uso degli operatori Booleiani (AND, OR, NOT); Sistemi di RETRIEVAL (Entrez, SRS). Rudimenti di ricerca bibliografica in Web of Science e “Trova unito”
2
Formati sequenze (descrizione e costruzione di file fasta e GBFF)
Costruzione manuale di un file multi fasta; Visualizzazione e manipolazione cromatogrammi (sequence scanner e Bioedit); Sottomissione di sequenze (BANKIT)
2
1
Analisi delle sequenze di DNA; Traduzione concettuale e caratterizzazione degli elementi di una sequenza di DNA genomico e di cDNA; Utilizzo del pattern recognition per il riconoscimento di introni, esoni, di promotori e terminatori e siti di poliadenilazione. Riconoscimento e mascheramento di elementi ripetuti (CENSOR); SSR mining (Sputnik, Webtroll)
2
1
Analisi delle sequenze proteiche; Identificazione di una proteina da elementi di sequenza; Analisi della sequenza; Modificazioni post-traduzionali; Predizione della struttura secondaria; strutture proteiche (PDB)
2
Ricerche per similarità.
Allineamento locale (BLAST e le sue varianti).
Allineamento globale (ClustalW di acidi nucleici e proteine)
2
1
Analisi di cromatogrammi, allineamento e SNP mining; “In silico” SNP;
Uso del database REBASE: generazione di mappe di restrizione; Progettazione di CAPS marker. Uso di dCAPS finder per la generazioni di marcatori STS.
2
Descrizione Testi consigliati e bibliografia
- Oggetto:
- INTRODUZIONE alla BIOINFORMATICA di Giorgio Valle, Manuela Helmer Citterich Marcella Attimonelli, Graziano Pesole (Zanichelli).
E fortemente consigliato lutilizzo del seguente materiale per approfondimenti e integrazioni: consultazione del materiale didattico sul sito del docente:
http://www.personalweb.unito.it/alberto.acquadro/bioinformatica/index.htmInfine sono di seguito indicati siti internet di interesse:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov;
http://www.ebi.ac.uk;
http://www.expasy.ch;
http://www.arabidopsis.org;
http://www.ebi.ac.uk/microarray-as/ae;
http://www.genome.jp/kegg;
http://www.geneontology.org- Oggetto:
Note
Modalità di verifica/esame
Prova pratica basata su 3-4 esercizi pratici inerenti il programma del corso. Al termine del compito seguirà un colloquio orale che prevederà: i) la correzione/discussione del compito, ii) una domanda teorica di approfondimento.
Pre-requisiti
Conoscenze relative al sistema operativo Windows (2000, XP, etc.), al pacchetto Microsoft Office, e allutilizzo della rete WWW.- Oggetto:
