- Oggetto:
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Laboratorio di Elementi di Bioinformatica
- Oggetto:
Bioinformatics Laboratory
- Oggetto:
Anno accademico 2016/2017
- Codice dell'attività didattica
- SAF0053
- Docente
- Prof. Alberto ACQUADRO (Affidamento interno)
- Corso di studi
- [f001-c717] L - Scienze e tecnologie agrarie
- Anno
- 3° anno
- Tipologia
- D - A scelta dello studente
- Crediti/Valenza
- 4
- SSD dell'attività didattica
- AGR/07 - genetica agraria
- Modalità di erogazione
- Tradizionale
- Lingua di insegnamento
- Italiano
- Modalità di frequenza
- Facoltativa
- Tipologia d'esame
- Scritto
- Prerequisiti
- Genetica e miglioramento genetico
- Oggetto:
Sommario insegnamento
- Oggetto:
Obiettivi formativi
I recenti progressi nel campo della ricerca genomica stanno cambiando il modo di affrontare molti problemi della biologia; di conseguenza la Bioinformatica sta assumendo un ruolo sempre più centrale, sia per quanto riguarda la gestione e l'integrazione dei dati biologici, sia per l'elaborazione dell'informazione che molto spesso richiede lo sviluppo di procedure informatiche e algoritmi nuovi.
Il laboratorio ha l'obiettivo di far acquisire conoscenze e competenze pratiche su:
1) la consultazione dei principali database bioinformatici, sede di informazione biologica
2) la struttura dei geni e delle proteine
3) l'allineamento di sequenze di acidi nucleici e proteine.Recent advances in genomics research are changing the way people face many problems of biology; accordingly Bioinformatics is assuming an increasingly central role, both as regards the management and integration of biological data, both for information processing which often requires the development of new algorithms and computer procedures.
The workshop's goal is to acquire knowledge and practical skills of:
1) consultation of the main bioinformatics database, the site of biological information
2) the structure of genes and proteins
3) the alignment of nucleic acid and protein sequences.- Oggetto:
Risultati dell'apprendimento attesi
Al termine del corso lo studente sarà in grado di:
1) recuperare una sequenza genica dai principali database di informazione biologica;
2) analizzare una sequenza di DNA e il suo prodotto;Nello specifico lo studente sarà in grado di:
Analizzare database primari e secondari
Analizzare sequenze di DNA e proteiche dal punto di vista strutturale
Allineare sequenze proteiche e nucleotidiche
Effettuare una ricerca bibliografica utilizzando le principali piattaforme digitaliAt the end of the course students will be able to:
1) recover a gene sequence from the main databases;
2) analyze a DNA sequence and its product;Specifically, the student will be able to:
Analyze primary and secondary database
Analyze DNA sequences and protein from a structural point of view
Align protein sequences and nucleotide
Perform a literature search using the main digital platforms- Oggetto:
Modalità di insegnamento
Il corso sarà tenuto completamente in aula informatica. Per le lezioni il docente si avvale di presentazioni e slide che sono a disposizione degli studenti.
The course will be taught entirely in computer room. For lectures the teacher makes use of presentations and slides that are available to students.
- Oggetto:
Modalità di verifica dell'apprendimento
All'inizio di ogni lezione il docente stimolerà la discussione con gli studenti sugli argomenti trattati nelle lezioni precedenti con il fine di chiarire eventuali dubbi e verificare lo stato di apprendimento della classe.
L'esame sarà scritto con esercizi pratici su tematiche che sono state trattate nel corso
At the beginning of each lesson the teacher will stimulate discussion with students on the topics covered in previous lessons with the aim to clarify any doubts and verify the state of learning in the class.
The exam will be written with practical exercises on the main topics which were covered in the course
- Oggetto:
Attività di supporto
- Il corso sarà svolto interamente in Aula informatica
- Ogni studente avrà a disposizione un PC
- Le lezioni saranno registrate (schermo e voce) e disponibili, insieme a tutto il materiale presentato in aula, sulla piattaforma Moodle
- Oggetto:
Programma
Area di formazione generale
1 - Inquadramento del problema scientifico ed attività teoriche
- Introduzione alla bioinformatica
- Database primari e secondari
- Formati di sequenzaArea della conoscenza: Tecnica
2 - Attività pratiche in aula informatica
- Uso degli operatori Booleiani e recupero testuale delle sequenze (Genbank)
- Ricerca bibliografica (Pubmed, Web of Science)
- Analisi delle sequenze di DNA e caratterizzazione di una sequenza genica
- Traduzione concettuale di una sequenza di DNA
- Ricerche per similarità di sequenza. Allineamento locale
- Allineamento globale di acidi nucleici e proteine3 - Attività di ricerca bibliografica e approfondimento
General training area
1 - Classification of a scientific problem and theoretical activities
- Introduction to Bioinformatics - 2 hours
- Primary and secondary databases - 2 hours
- Sequence formatsKnowledge Area: Technology
2 - Practical activities in the computer lab
- Using Boolean operators and textual retrieval of sequences (Genbank)
- Literature search (Pubmed, Web of Science)
- Analysis of the DNA sequences and characterization of a gene sequence
- Conceptual translation of a DNA sequence
- Searches for sequence similarity. Local alignment
- Global alignment of nucleic acids and proteins3 - Bibliographical research and study
Testi consigliati e bibliografia
- Oggetto:
:: INTRODUZIONE alla BIOINFORMATICA di Giorgio Valle, Manuela Helmer Citterich Marcella Attimonelli, Graziano Pesole (Zanichelli).
:: Per approfondimenti e integrazioni è fortemente consigliato l’utilizzo del materiale (presentazioni e registrazioni audio-video delle lezioni) messo a disposizione dal docente durante il corso.
:: INTRODUZIONE alla BIOINFORMATICA di Giorgio Valle, Manuela Helmer Citterich Marcella Attimonelli, Graziano Pesole (Zanichelli).
:: For further details is strongly suggested to use of the material (Presentations and audio-video recordings of the lectures) provided by the teacher during the course.
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