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Tecniche di diagnosi e analisi molecolari 1

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DIAGNOSTIC AND MOLECULAR ANALYSIS TECHNIQUES 1

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Anno accademico 2018/2019

Codice dell'attività didattica
AGR0134
Docente
Prof. Rosemarie TEDESCHI (Affidamento interno)
Corso integrato
Corso di studi
[001717-101] SCIENZE E TECNOLOGIE AGRARIE - curr. Agrobiotecnologie
Anno
3° anno
Tipologia
B - Caratterizzante
Crediti/Valenza
5
SSD dell'attività didattica
AGR/11 - entomologia generale e applicata
Modalità di erogazione
Convenzionale
Lingua di insegnamento
Italiano
Modalità di frequenza
Facoltativa
Tipologia d'esame
Orale
Prerequisiti
Nozioni di biologia molecolare
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Sommario del corso

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Obiettivi formativi

Acquisire le basi teoriche e pratiche di alcune tra le principali tecniche molecolari per la diagnosi in campo agrario. Possedere una solida preparazione di base indispensabile per proseguire gli studi universitari.

L'area tematica di riferimento è l'Area della difesa, individuata dagli insegnamenti necessari per acquisire conoscenze nel settore dell'entomologia e della patologia vegetale.

 

To acquire the theoretical and practical basis of some of the most used molecular techniques for the diagnosis in agriculture. To have a solid grounding necessary to continue the University studies.

The course is included in the learning area of plant protection.

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Risultati dell'apprendimento attesi

 Conoscenze e capacità di comprensione

Alla fine dell'insegnamento lo studente dovrà saper:

- descrivere le principali tecniche di diagnosi molecolare utilizzate in campo agricolo e nello specifico in ambito entomologico

- illustrare vantaggi e svantaggi delle diverse tecniche messe a confronto

-individuare le tecniche di diagnosi più opportune a seconda dell'obiettivo che si vuole raggiungere

- illustrare esempi pratici di applicazione delle diverse tecniche

- accedere a banche dati genomiche

Capacità di applicare conoscenze e comprensione

Al termine dell'insegnamento lo studente sarà in grado di:

- interpretare i risultati di diverse tecniche di diagnosi molecolari

- utilizzare la terminologia tecnico-scientifica specifica in modo adeguato

- eseguire un'estrazione di dna o rna mediante metodi tradizionali o kit commerciali

- impostare e ottimizzare protocolli di PCR, RealTime PCR e ibridazione molecolare

- preparare campioni entomologici per analisi mediante FISH

- eseguire una corsa elettroforetica con gel di agarosio

- disegnare primer mediante l'uso di apposite applicazioni online

- interrogare banche dati genomiche

 

  

Knowledge and understanding 

At the end of this course, the student will know how to:

- describe the most important molecular techniques applied in agriculture and in particular in entomology

- illustrate advantages and disadvantages of the different techniques

- select the most proper technique depending on the aim of the research

- illustrate practical examples of the applications of the different techniques

 

Applying knowledge and understanding

At the end of this course the student will be able to:

-  Interpret the results of the different techniques

- Use a proper technical scientific terminology

- Perform a DNA or RNA extraction with traditional methods or commercial kits

- Set up and optimize PCR, RealTime PCR and molecular hybridization protocols

- Prepare entomological samples for a FISH analysis

- Perform a gel electrophoresis

- Design primers by means of online tools

- Query genomic databases

 

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Modalità di insegnamento

Il corso consiste di 50 ore di lezione di cui circa 10 dedicate ad attività di laboratorio. Per le lezioni frontali il docente si avvale di presentazioni e slide che sono a disposizione degli studenti.

The course consists of 50 hours about 10 of which devoted to laboratory work. For lectures the teacher makes use of presentations and slides that are available to students.

 

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Modalità di verifica dell'apprendimento

 Durante il corso, al termine della trattazione di ogni argomento sarà

organizzata una discussione comune sul tema. Le esercitazioni pratiche
rappresenteranno un'ulteriore occasione di verifica dell'apprendimento.

L'esame finale è un colloquio orale che prevederà la verifica delle conoscenze acquisite, della capacità di ragionamento e di collegamento fra gli argomenti trattati.

 

 During classes, at the end of the presentation of each topic, a

discussion section will be organized. Practicals will be a further
occasion to evaluate the level of learning.

The final exam is an oral exam aimed at evaluating the acquired knowledge, the reasoning skills and the ability to discuss and connect the subjects of the course.

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Programma

 - Estrazione di acidi nucleici

- PCR convenzionale e sue modificazioni: multiplex-PCR, nested-PCR, PCR + ibridazione molecolare, ELISA-PCR, etc.. - Real time PCR e Real time RT-PCR  per la quantificazione di DNA ed RNA target,

- Marcatori molecolari: analisi di sequenze mitocondriali e ribosomali, Amplified Fragment Length Polymorphism PCR (AFLP) e Random Amplified Polymorphic DNA PCR (RAPD PCR) per l'analisi di variabilità genetica.

- Denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) per lo studio delle comunità microbiche.

- Restriction Fragment lenght polymorphism (RFLP) e RFLP virtuale.

- Ibridazione molecolare su supporto solido, Southern blot, ibridazione in situ

- DNA barcoding

Il corso prevede lezioni teoriche ed esercitazioni pratiche in laboratorio.

  

 - Nucleic acids extraction

- Conventional PCR and modifications: multiplex-PCR, nested-PCR, PCR + molecular hybridisation, ELISA-PCR, etc. - Real Time PCR and Real time RT-PCR for the quantification of target DNA and RNA,

- Molecular markers: analyses of mitochondrial and ribosomal sequences, Amplified Fragment Lenght Polymorphism PCR AFLP) and Random Amplified Polymorphic DNA PCR (RAPD PCR) for the analysis of genetic variability,

- Molecular hybridisation on a solid carrier, Southern blot, in situ hybridisation,

- DNA barcodingThe course provides for teoretical lessons and practical exercises in the laboratory

 

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Testi consigliati e bibliografia

 Materiale didattico inerente gli argomenti trattati a lezione e durante le esercitazioni pratiche sarà disponibile sul portale Campusnet del DISAFA

  

 Educational material concerning the topics of the lessons and the practical exercises will on the Campusnet platform.

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Note

 

 

 

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Ultimo aggiornamento: 08/07/2018 22:27
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