- Oggetto:
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Tecniche di diagnosi e analisi molecolari 1
- Oggetto:
DIAGNOSTIC AND MOLECULAR ANALYSIS TECHNIQUES 1
- Oggetto:
Anno accademico 2018/2019
- Codice dell'attività didattica
- AGR0134
- Docente
- Prof. Rosemarie TEDESCHI (Affidamento interno)
- Insegnamento integrato
- Tecniche di laboratorio integrate - C.I. (AGR0134)
- Corso di studi
- [001717-101] SCIENZE E TECNOLOGIE AGRARIE - curr. Agrobiotecnologie
- Anno
- 3° anno
- Tipologia
- B - Caratterizzante
- Crediti/Valenza
- 5
- SSD dell'attività didattica
- AGR/11 - entomologia generale e applicata
- Modalità di erogazione
- Convenzionale
- Lingua di insegnamento
- Italiano
- Modalità di frequenza
- Facoltativa
- Tipologia d'esame
- Orale
- Prerequisiti
- Nozioni di biologia molecolare
- Oggetto:
Sommario insegnamento
- Oggetto:
Obiettivi formativi
Acquisire le basi teoriche e pratiche di alcune tra le principali tecniche molecolari per la diagnosi in campo agrario. Possedere una solida preparazione di base indispensabile per proseguire gli studi universitari.
L'area tematica di riferimento è l'Area della difesa, individuata dagli insegnamenti necessari per acquisire conoscenze nel settore dell'entomologia e della patologia vegetale.
To acquire the theoretical and practical basis of some of the most used molecular techniques for the diagnosis in agriculture. To have a solid grounding necessary to continue the University studies.
The course is included in the learning area of plant protection.
- Oggetto:
Risultati dell'apprendimento attesi
Conoscenze e capacità di comprensione
Alla fine dell'insegnamento lo studente dovrà saper:
- descrivere le principali tecniche di diagnosi molecolare utilizzate in campo agricolo e nello specifico in ambito entomologico
- illustrare vantaggi e svantaggi delle diverse tecniche messe a confronto
-individuare le tecniche di diagnosi più opportune a seconda dell'obiettivo che si vuole raggiungere
- illustrare esempi pratici di applicazione delle diverse tecniche
- accedere a banche dati genomiche
Capacità di applicare conoscenze e comprensione
Al termine dell'insegnamento lo studente sarà in grado di:
- interpretare i risultati di diverse tecniche di diagnosi molecolari
- utilizzare la terminologia tecnico-scientifica specifica in modo adeguato
- eseguire un'estrazione di dna o rna mediante metodi tradizionali o kit commerciali
- impostare e ottimizzare protocolli di PCR, RealTime PCR e ibridazione molecolare
- preparare campioni entomologici per analisi mediante FISH
- eseguire una corsa elettroforetica con gel di agarosio
- disegnare primer mediante l'uso di apposite applicazioni online
- interrogare banche dati genomiche
Knowledge and understanding
At the end of this course, the student will know how to:
- describe the most important molecular techniques applied in agriculture and in particular in entomology
- illustrate advantages and disadvantages of the different techniques
- select the most proper technique depending on the aim of the research
- illustrate practical examples of the applications of the different techniques
Applying knowledge and understanding
At the end of this course the student will be able to:
- Interpret the results of the different techniques
- Use a proper technical scientific terminology
- Perform a DNA or RNA extraction with traditional methods or commercial kits
- Set up and optimize PCR, RealTime PCR and molecular hybridization protocols
- Prepare entomological samples for a FISH analysis
- Perform a gel electrophoresis
- Design primers by means of online tools
- Query genomic databases
- Oggetto:
Modalità di insegnamento
Il corso consiste di 50 ore di lezione di cui circa 10 dedicate ad attività di laboratorio. Per le lezioni frontali il docente si avvale di presentazioni e slide che sono a disposizione degli studenti.
The course consists of 50 hours about 10 of which devoted to laboratory work. For lectures the teacher makes use of presentations and slides that are available to students.
- Oggetto:
Modalità di verifica dell'apprendimento
Durante il corso, al termine della trattazione di ogni argomento sarà
organizzata una discussione comune sul tema. Le esercitazioni pratiche
rappresenteranno un'ulteriore occasione di verifica dell'apprendimento.L'esame finale è un colloquio orale che prevederà la verifica delle conoscenze acquisite, della capacità di ragionamento e di collegamento fra gli argomenti trattati.
During classes, at the end of the presentation of each topic, a
discussion section will be organized. Practicals will be a further
occasion to evaluate the level of learning.The final exam is an oral exam aimed at evaluating the acquired knowledge, the reasoning skills and the ability to discuss and connect the subjects of the course.
- Oggetto:
Programma
- Estrazione di acidi nucleici
- PCR convenzionale e sue modificazioni: multiplex-PCR, nested-PCR, PCR + ibridazione molecolare, ELISA-PCR, etc.. - Real time PCR e Real time RT-PCR per la quantificazione di DNA ed RNA target,
- Marcatori molecolari: analisi di sequenze mitocondriali e ribosomali, Amplified Fragment Length Polymorphism PCR (AFLP) e Random Amplified Polymorphic DNA PCR (RAPD PCR) per l'analisi di variabilità genetica.
- Denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) per lo studio delle comunità microbiche.
- Restriction Fragment lenght polymorphism (RFLP) e RFLP virtuale.
- Ibridazione molecolare su supporto solido, Southern blot, ibridazione in situ
- DNA barcoding
Il corso prevede lezioni teoriche ed esercitazioni pratiche in laboratorio.
- Nucleic acids extraction
- Conventional PCR and modifications: multiplex-PCR, nested-PCR, PCR + molecular hybridisation, ELISA-PCR, etc. - Real Time PCR and Real time RT-PCR for the quantification of target DNA and RNA,
- Molecular markers: analyses of mitochondrial and ribosomal sequences, Amplified Fragment Lenght Polymorphism PCR AFLP) and Random Amplified Polymorphic DNA PCR (RAPD PCR) for the analysis of genetic variability,
- Molecular hybridisation on a solid carrier, Southern blot, in situ hybridisation,
- DNA barcodingThe course provides for teoretical lessons and practical exercises in the laboratory
Testi consigliati e bibliografia
- Oggetto:
Materiale didattico inerente gli argomenti trattati a lezione e durante le esercitazioni pratiche sarà disponibile sul portale Campusnet del DISAFA
Educational material concerning the topics of the lessons and the practical exercises will on the Campusnet platform.
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Note
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