Genomica funzionale

Oggetto:

Genomica funzionale

Oggetto:

Anno accademico 2007/2008

Codice dell'attività didattica

1281S

Docente

Dott. Ezio PORTIS (Affidamento)

Corso di studi

[f001-c207] laurea spec. in biotecnologie agrarie vegetali

Anno

1° anno

Tipologia

B - Caratterizzante

Crediti/Valenza

SSD dell'attività didattica

AGR/07 - genetica agraria

Oggetto:

Obiettivi formativi

Conoscenza della genetica vegetale, dei principali metodi di miglioramento genetico delle specie agrarie e della biologia molecolare di base

Oggetto:

Programma

Analisi di associazione carattere e marcatore. La ricerca di marcatori associati a caratteri di interesse agronomico: bulk segregant analysis (BSA), NIL (near isogenic lines) e strategie basate su linkage disequilibrium, produzione di marcatori legata alle tecniche di isolamento del gene. Le mappe di linkage e loro utilizzo nella selezione assistita e nel clonaggio di geni. Popolazioni utilizzate per la costruzione di mappe genetico-molecolari: BC1, F2, RIL (linee inbred ricombinanti) ed F1 (pseudo-test cross).Cenno sui principali metodi di mappatura. La scelta dei genitori per l'incrocio di mappa. La scelta dei marcatori. Analisi di associazione (2 punti, 3 punti, multipoint) e distanze genetiche. Analisi dei principali software disponibili. Cenni sull'uso delle mappe di linkage nella identificazione di QTLs. Fingerprinting e pedigree. L'importanza del fingerprinting nell'attività vivaistica. I brevetti vegetali e la loro protezione. L'attività dell'UPOV. Il problema delle varietà 'essenzialmente derivate'. Aspetti pratici: la manipolazione dei campioni, estrazione del DNA, scelta dei marcatori molecolari, interpretazione dei dati. Il pedigree: analisi di paternità e ricostruzioni genealogiche. Tassonomia molecolare ed origine delle specie coltivate. Le sequenze usate nella tassonomia molecolare: rDNA, ITS, cpDNA, mtDNA. I metodi di ricostruzione filogenetica: metodi fenetici e cladistici. L’analisi “fisica” del Trascrittoma. Costruzione di librerie di cDNA.. Produzione ed ibridazione di cDNA microarray. Preparazione del “Probe”: scelta delle superfici idonee, purificazione dei prodotti da depositare su vetrino, condizioni di “printing”. Preparazione del “cDNA target”: incorporazione diretta e indiretta dei fluorofori e purificazione del cDNA ottenuto. Ibridazione statica e dinamica. L’ Analisi dei dati ottenuti mediante cDNA microarray: i principali approcci d’indagine correntemente utilizzati (clustering dei dati e selezione dei geni differenzialmente espressi)

Descrizione